La route du coronavirus tracée des chauves-souris et des pangolins aux humains

Une image au microscope électronique à transmission montre le SARS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19, isolé d’un patient aux États-Unis. Des particules de virus émergent de la surface des cellules cultivées en laboratoire. Les pointes sur le bord extérieur des particules virales sont essentielles à leur capacité à infecter les cellules humaines. (Photo NIAID-RML)

Deux études récemment publiées mettent en lumière les origines et la propagation de la pandémie de coronavirus, à commencer par les chauves-souris et les pangolins en Chine et à se terminer par une épidémie dramatiquement meurtrière à New York.

Une étude, publiée aujourd’hui dans la revue en libre accès Science Advances, a analysé 43 séquences du génome de trois souches de coronavirus similaires à celle qui provoque le COVID-19 chez l’homme. Ces souches ont été identifiées chez les chauves-souris et les pangolins, des animaux ressemblant à des fourmiliers appréciés pour leurs écailles. Les deux pangolins qui ont fourni des échantillons de coronavirus ont été introduits en contrebande en Chine et saisis par les douaniers.

Le type de coronavirus qui a provoqué la pandémie humaine, le SRAS-CoV-2, ressemble plus aux virus des chauves-souris qu’aux virus des pangolins. Mais un élément clé du matériel génétique, lié à la capacité de la protéine de pointe SARS-CoV-2 à se lier aux cellules humaines, a été identifié dans les virus du pangolin mais pas dans les virus des chauves-souris.

Aucun des virus qui ont été étudiés n’est susceptible d’être dans la lignée directe menant au virus qui a fait le saut chez l’homme, mais leur diversité suggère que le SRAS-CoV-2 a traversé une évolution inter-espèces avant de faire le saut chez l’homme.

« Tout comme le SRAS d’origine qui est passé des chauves-souris aux civettes, ou le MERS qui est passé des chauves-souris aux chameaux dromadaires, puis aux humains, l’ancêtre de ce coronavirus pandémique a subi des changements évolutifs dans son matériel génétique qui lui ont finalement permis d’infecter les humains, », A déclaré dans un communiqué de presse Feng Gao, professeur de médecine à la Duke University School of Medicine.

Les scientifiques supposent depuis longtemps que les «marchés humides» de la Chine servent de lieux de reproduction interspécifiques pour de nouvelles souches de virus, et depuis des mois, ils ont désigné les chauves-souris et les pangolins comme des coupables potentiels du coronavirus. L’étude récemment publiée présente un scénario pour expliquer comment le SRAS-CoV-2 a récupéré son astuce la plus meurtrière. Il établit également une prescription pour prévenir les futures infections croisées, appelées zoonoses.

« Alors que le réservoir direct de SARS-CoV-2 est toujours recherché, une chose est claire: réduire ou éliminer le contact humain direct avec les animaux sauvages est essentiel pour prévenir la nouvelle zoonose des coronavirus à l’avenir », écrivent Gao et ses collègues.

Une autre étude, publiée aujourd’hui dans la revue Science, examine des échantillons de coronavirus trop humain de 84 patients qui ont été traités dans les installations du Mount Sinai Health System à New York en mars. Les chercheurs ont analysé les séquences génétiques des différents virus des patients et les ont comparés à plus de 2 000 génomes du SRAS-CoV-2 du monde entier.

Ils ont trouvé des preuves limitées suggérant que les virus de New York avaient été introduits directement de Chine. Les éléments de preuve confirment davantage le point de vue selon lequel il y a eu plusieurs introductions du virus, principalement en provenance d’Europe et d’autres parties des États-Unis. Deux introductions ont été attribuées à l’épidémie principale de la région de Seattle en février.

En plus de Gao, les auteurs de l’étude Science Advances, «Emergence of SARS-CoV-2 Through Recombination and Strong Purifying Selection», incluent Xiaojun Li, Elena Giorgi, Manukumar Honnayakanahalli Marichannegowda, Brian Foley, Chuan Xiao, Xiang-Peng Kong , Yue Chen, S. Gnanakaran et Bette Korber.

L’étude scientifique «Introductions and Early Spread of SARS-CoV-2 in the New York City Area», compte 35 auteurs, dont Harm van Bakel, Viviana Simon et Emilia Mia Sordillo, de l’école de médecine Icahn du mont Sinaï.

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